SMP Diponegoro Depok adalah sekolah yang di bina oleh yayasan Ponpes Pangeran Diponegoro dan berada di bawah naungan Lembaga Pendidikan Ma’arif NU sehingga sekolah ini berbasis ajaran agama Islam. Selain program nasional SMP Diponegoro Depok juga menyelenggarakan beberapa mata pelajaran khas pesantren, yaitu bahasa arab, fiqih, akhlaq, dan keNUan yang masing-masing satu jam pelajaran per minggu. Mata pelajaran fiqih menggunakan kitab Safinatunnajah, mata pelajaran akhlaq menggunakan kitab Akhlaqul Banin. Mata pelajaran keNUan menggunakan buku khusus yang diterbitkan oleh LP Ma’arif. Pembelajaran bahasa Arab mengacu pada metode Al Fitroh.

Selain menyelenggarakan pembelajaran intrakurikuler, SMP Diponegoro Depok juga menyelenggarakan berbagai kegiatan kokurikuler secara rutin seperti BTQ (Baca Tulis Al Qur’an), Sholat dhuha dan dhuhur berjama’ah, pelajaran tahfidz, manasik haji, pengajian ahad pagi, mujahadah Senin Legi, dan lain-lain. Dalam kelulusan juga menetapkan kemampuan membaca Al Qur’an dan hafalan bacaan sholat sebagai salah satu syarat kelulusan.

Tujuan penyelenggaraan sekolah berbasis pesantren ini adalah tercetaknya lulusan yang beriman, bertaqwa dan berakhklaqul karimah. Diharapkan lulusan SMP Diponegoro Depok mampu mengamalkan keilmuannya sehingga kelak menjadi warga yang berguna bagi masyarakat sekitarnya.

Siswa diharapkan memiliki ketrampilan berpikir dan bertindak kreatif, produktif, komunikatif, kritis melalui pengalaman pembelajaran dan kegiatan sekolah. Pada kondisi nyata, sekolah memiliki wujud nyata untuk mengukur ketrampilan misalnya prestasi atau tingkat capaian nilai ketrampilan. Selain itu, sekolah memiliki banyak karya ketrampilan hasil kreativitas siswa. Dimensi kompetensi ketrampilan juga diterapkan dalam proses pembelajaran dan dinilai pada tiap akhir Kompetensi Dasar (KD). Banyaknya ekstrakurikuler juga menambah kompetensi siswa dalam hal ketrampilan.