Berdasarkan surat edaran Dinas Pendidikan Kabupaten Sleman nomor 421/1174 tentang pembelajaran di Masa Pemberlakuan PPKM level 3, SMP Diponegoro menyelenggarakan PTM 50%. Pembelajaran tatap muka 50% ini dilaksanakan untuk mengikuti protokol kesehatan dengan pedoman pada keputusan bersama Empat Menteri nomor 05/KB/2021.
Sekolah telah membuat Standar Operasional Pelaksanaan pembelajaran di masa pandemi. Protokol kesehatan yang harus diterapkan di sekolah yaitu mencuci tangan, menjaga jarak, memakai masker, menjauhi kerumunan dan membatasi mobilitas. Semua siswa harus mematuhi protokol kesehatan baik di dalam kelas, di masjid, maupun di ruang terbuka seperti taman sekolah. Hal ini diterapkan untuk menjaga kesehatan semua warga sekolah.
Pengaturan pembelajaran yang dimulai hari senin, 7 Maret 2022 yaitu kelas VII masuk hari senin dan selasa. Kelas VIII masuk hari rabu dan Kamis. Kelas IX masuk hari Jum’at dan Sabtu. Dalam satu kelas, berisi 50% kapasitas siswa yaitu 15 siswa sehingga pembelajaran untuk kelas VIIA, VIIB, VIIC, VIID, VIIE dan VIIF terbagi dalam 12 ruang kelas. Ketika siswa dirumah, pembelajaran dilaksanakan secara online atau Pembelajaran Jarak Jauh. Sedangkan untuk santri pondok yang tinggal di asrama, pembelajaran secara offline di gedung baru lantai 3.